El gobierno supremo de la Facultad de Teología y la consiguiente responsabilidad por la misma, corresponde a la Conferencia Episcopal Argentina, la cual lo ejerce a través de la Comisión Episcopal para la UCA.

El Arzobispo de Buenos Aires, por ser Gran Canciller de la UCA lo es asimismo de la Facultad de Teología.

El Gran Canciller representa a la Santa Sede ante la Facultad e igualmente a ésta ante la Santa Sede.

La Facultad, por ser parte integrante de la UCA, tiene como propias las autoridades superiores de ésta, a saber: el Rector y el Consejo Superior.

El gobierno inmediato de la Facultad es ejercido por el Decano y por el Consejo Académico.

El Decano es ayudado en su tarea por el Vicedecano, por la Secretaría Académica y los Directores de carrera