Los Centros o Institutos teológicos pueden vincularse con la Facultad en algunas de estas tres formas: afiliación, agregación o incorporación:
1.- Afiliación: los alumnos del Instituto Afiliado recibirán de la Facultad el grado de Bachiller.
2.- Agregación: los alumnos del Instituto Agregado recibirán de la Facultad los grados de Bachillerato y Licenciatura Especializada.
3.- Incorporación: los alumnos del Instituto Incorporado recibirán de la Facultad uno o los dos grados académicos superiores según el caso.
La Facultad promueve diligentemente a la colaboración entre Facultades, bien sea de una misma o de distintas Universidades, con el objetivo de fomentar la investigación científica de los profesores y la mejor formación de los alumnos, conseguir la necesaria relación interdisciplinar, desarrollar la complementariedad entre las distintas Facultades y conseguir así, la evangelización de la cultura.
* Seminario "Nuestra Señora de Loreto", de la Arquidiócesis de Córdoba.
* Seminario "San Agustín", de la Diócesis de San Isidro, Prov. Buenos Aires.
* Instituto Teológico "Santo Domingo" de la Orden de Predicadores, Ciudad de Buenos Aires.
* Instituto Superior de Teología de la Universidad Católica "Nuestra Señora de la Asunción", República de Paraguay.
* Seminario Mayor Arquidiocesano "Nuestra Señora del Cenáculo" de Paraná , Prov. de Entre Rios.
* Seminario Mayor Arquidiocesano "San Carlos Borromeo", de Capitán Bermudez, Prov. Santa Fe.
* Seminario Mayor "Nuestra Señor de la Merced y San José", de la arquidiócesis de Tucumán
* Seminario "Nuestra Señora del Rosario", de la Arquidiócesis de Mendoza.
*Seminario "Jesús Buen Pastor" de la Diócesis de Río Cuarto