En 1972, El Consejo Superior de la Universidad Católica Argentina creó el Instituto de Integración del Saber, que vino a suplir una necesidad de toda la Universidad, pero especialmente de las Universidades católicas, cual es la de integrar las ciencias entre si y con la Filosofía y la Teología. El Consejo Superior encomendó la Dirección del Instituto al Dr. Tomás Casares.
A partir de 1976 el Instituto continuó sus actividades bajo la dirección del Lic. Juan Roberto Courrèges y luego del Lic. Miguel Ángel Iribarne, hasta que cesó en sus actividades en la década de 1980.
El 14 de Diciembre de 1994 el nuevo Rector de la Universidad, R.P.Dr. Domingo Basso O.P., teniendo en cuenta la necesidad de promover un dialogo entre filósofos, teólogos y científicos, crea un nuevo Instituto de Integración del Saber , bajo la dirección del ex Rector de la Universidad Mons. Guillermo Blanco.
En Marzo de 2001 el nuevo Rector Mons. Alfredo Zecca nombró director del Instituto al Pbro. Fernando Ortega. En esta última etapa, el Instituto asumió además la tarea de encomendada de crear el Departamento de Investigación Institucional, que se abocó al estudio interdisciplinar de la Deuda Social Argentina, dando comienzo al Observatorio de la Deuda Social Argentina, que luego se convirtió en una unidad autónoma. Transitoriamente coordinó también las actividades del PEPACG, acerca del cambio climático.
En 2011 el Rector Pbro. Víctor M. Fernández inició una nueva etapa del Instituto orientándolo a incidir más directamente en procesos de integración del saber dentro de las distintas facultades y a procurar que dicha integración se realice también en las asignaturas del Ciclo humanista cristiano. Para ello determinó que este instituto y el ICU trabajen de manera coordinada. Por ello mismo, asumió de manera directa la dirección de ambos institutos y designó al Lic. Horacio García Bossio como coordinador del IPIS.
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