El tercer ciclo, coronado por el grado de Doctor en Teología, tiene por objetivo que el alumno alcance la madurez científica, se capacite para la investigación y sea habilitado para la docencia en Facultades Teológicas, en todos sus ciclos.
Habiendo colaborado en las tareas de docencia e investigación, el alumno deberá presentar una tesis escrita que contribuya al progreso de la ciencia teológica, y aprobarla ante un tribunal de la Facultad.