La Facultad de Derecho Canónico “Santo Toribio de Mogrovejo” fue erigida canónicamente en el seno de la Pontificia Universidad Católica Argentina, por decreto de la Congregación para la Educación Católica del 13 de noviembre de 1991. Su primer ciclo lectivo se inició el 2 de abril de 1992 en la sede que compartía con la Facultad de Teología de la UCA, en Villa Devoto, contando con 7 alumnos en el ciclo propedéutico y 14 sacerdotes en el ciclo de Licenciatura.
Al año siguiente se traslada a una nueva sede en la Av. Córdoba 1739, radicación que sería provisoria hasta el término de la construcción del campus universitario que la UCA proyectaba en Puerto Madero.
La primera colación de grados académicos se realiza el 23 de marzo de 1994, obteniendo el grado de Licenciados en Derecho Canónico 6 sacerdotes de diversas diócesis argentinas.
El Ministerio de Educación de la República Argentina, mediante la Resolución Ministerial nº 678 del 24 de marzo de 1994 le otorga el reconocimiento civil.
En marzo de 1996 se traslada a la sede del Edificio San Alberto Magno incorporándose así al campus universitario Puerto Madero de la UCA. Posteriormente, en diciembre de 2001, pasa a formar parte del Edificio Santa María dentro del mismo campus.
En sus diecinueve años de labor académica han visitado la facultad para brindar cursos, los más destacados canonistas extranjeros. Entre otros, puede mencionarse a S.E.R. Card. Zenon Grocholewski, S.E.R. Card. Agostino Casarolli, S.E.R. Card. Peter Erdö, S. E. R. Card. Mario Pompedda, R.P. Urbano Navarrete S.J., R.P. Gianfranco Ghirlanda S.J. Pbro. Julio Manzanares, Pbro. Federico Aznar Gil, Mons. José María Serrano Ruiz, Mons. Juan José García Faílde, Pbro. Cormac Burke, R.P. Urbano Navarrete S.J., R.P. Jean Paul Durand O.P., Pbro. Juan Ignacio Arrieta, Mons. Dr. Joaquín Llobell, R.P. Damián Astigueta, Dr. Giorgio Feliciani, Dr. Peter Landau, Dr. Cesare Mirabelli, R.P. Nikolaus Schöch OFM, R.P. Marcelo Méndez OFM.
En sus diecinueve años de trayectoria académica han obtenido la Licenciatura o el Doctorado en Derecho canónico por esta facultad alumnos de distintos puntos de la Argentina y de otros países americanos como Brasil, Uruguay, Chile, Perú, Paraguay y Ecuador. Cuenta con la biblioteca especializada más importante de Sudamérica, sus profesores han publicado ininterrumpidamente en la Colección de la Facultad más de quince libros, y anualmente edita el Anuario Argentino de Derecho Canónico.