La finalidad del Tercer Ciclo es perfeccionar la formación y la madurez jurídica de los estudiantes, de modo que sean aptos para elaborar trabajos científicos personales, ejercer la enseñanza superior del derecho y desempeñar en la Iglesia actividades y oficios pastorales que requieran una sólida y profunda preparación jurídico-canónica. En este ciclo los alumnos elaborarán la tesis doctoral que represente una contribución real al progreso científico en el ámbito elegido. Dicho trabajo se realizará bajo la guía de un profesor de la Facultad.
Los cursos, seminarios o lecciones serán pocos en número y versarán sobre cuestiones especiales con el fin de realizar la profundización de las mismas.